煤制油商業化規模發展在未來必然會遇到煤炭供應的瓶頸。從2005年到2008年我國煤炭可采儲量與儲采比變化情況看，連續數年我國煤炭可采儲量沒有變化，盡管勘探技術不斷進步，但是資源勘探的難度加大，成本提高，新的資源探明儲量增長十分有限，每一年新增探明儲量僅彌補了當年的部分開采量，而且隨著煤炭開采數量的逐年增加，煤炭儲采比呈下滑趨勢。有專家從中得出結論，大規模發展煤制油，必然加大每一年的煤炭消費量，勢必使得我國煤炭資源的保障年限進一步大幅縮短。
無論從煤制油的哪種技術路徑來看,中國的煤炭資源都經不起煤制油大規模發展的“折騰”。長期看，以煤替代石油的方式只是將被替代的石油資源枯竭期滯后一些，而將煤的枯竭期加速提前。
從目前來看，煤制油企業并沒有資源保障的擔憂。我國煤制油項目都有配套煤礦，利用的原料是自產的坑口煤炭，價格相對國際煤炭價格很低，盈利空間巨大。但如果將煤炭的機會成本算入其中，將煤炭產品價格與國際市場價格掛鉤，煤制油項目的收益就沒有賬面上的那么“漂亮”。研究表明，煤炭價格每升高50元/噸，項目的收益率就要降低1.4%～1.5%。
從媒體報道來看，即便是頗為高調的神華百萬噸級煤直接液化項目，雖然項目于2008年底打通全流程并成功生產出柴油和石腦油產品，至今仍未達到設計能力，生產成本大大高于理論值。
在“十二五”期間，隨著我國資源稅改革的進一步推進，我國的煤炭生產成本將進一步完善，我國煤炭價格的定價機制也將有所改進，這將促使我國煤炭價格的進一步上漲。如果將煤制油成本在新的能源價格體系中進行核算，煤制油項目的投資風險將比企業現在估算的高很多。
由此來看，煤制油進一步大規模商業化的時機還未成熟。作為我國保障石油安全的遠期戰略技術儲備項目，煤制油應繼續提高項目的能量轉化效率，降低對環境的負面影響，增強其技術穩定性與經濟性。
